Цели Котайкского марзового центра:

1.Контроль, направленный на выявление, профилактику и ликвидацию болезней, общих для человека и животных на территории марза.

2.Осуществление надзора за эпидемической ситуацией среди животных на территории марза, контроль за производством подконтрольной ветеринарной продукции, процессами ее переработки, хранения, транспортировки и реализации.

3. Осуществление надзора за фитосанитарной ситуацией на территории марза, контроль за производством подконтрольной фитосанитарной продукции, процессами ее переработки, хранения, транспортировки и реализации.

4. Государственный контроль на этапах пищевой цепи на территории марза с использованием принципа прослеживаемости.