Основными задачами управления являются:

1) содействие осуществлению функций Инспекционного органа в рамках своих полномочий;

2) координация и организация работы подразделений государственного пограничного контроля Инспекционного органа;

3) координация и контроль работ осуществляемых отделами пограничного государственного контроля;

4) оценка работы отделов государственного пограничного контроля на основе стандартов и показателей деятельности;

5) разработка конкретных действий на основе анализа оценки эффективности и их представление в отделы государственного пограничного контроля;

6) разработка стратегических планов, концепций, проектов нормативных правовых актов в области безопасности пищевой продукции в пределах своей компетенции;

7) применение системы оказания услуг «Одно окно» в процессе государственного пограничного контроля;

8) создание и ведение электронных заявок на основании сопроводительных документов при импорте, экспорте, транзитной перевозке пищевых продуктов, веществ, находящихся в непосредственном контакте с пищевыми продуктами, продукции подлежащей ветеринарному и фитосанитарному контролю;

9) обеспечение реализации методических работ пограничного контроля;

10) обобщение, анализ проблем и выявление пробелов результатов мониторинговой деятельности Инспекционного органа;

11) осуществляет другие полномочия, возложенные на него законодательством Республики Армения, а также Инспекционным органом и настоящим уставом.