Բաժնի հիմնական խնդիրներն են`
1) իր իրավասությունների շրջանակում Տեսչական մարմնի գործառույթների իրականացմանը նպաստելը.
2) Տեսչական մարմնի սահմանային պետական վերահսկղության բաժինների աշխատանքների համակարգումը և կազմակերպումը.
3) Սահմանային պետական վերահսկղության բաժինների կողմից հսկողական աշխատանքների իրականացման համակարգումը և դրանց հսկողության իրականացումը.
4) կատարողականության չափանիշների ու ցուցանիշների հիման վրա սահմանային պետական վերահսկղության բաժինների աշխատանքի գնահատումը.
5) կատարողականների գնահատման վերլուծության հիման վրա կոնկրետ գործողությունների մշակում և սահմանային պետական վերահսկղության բաժիններին առաջադրումը.
6) իր իրավասությունների շրջանակում սննդամթերքի անվտանգության բնագավառի ռազամավարական ծրագրերի, հայեցակարգերի, նորմատիվ իրավական ակտերի նախագծերի մշակումը.
7) սահմանային պետական վերահսկողության գործընթացում ծառայությունների մատուցման «Մեկ պատուհան» համակարգի կիրարկումը.
8) սննդամթերքի, սննդամթերքի հետ անմիջական շփման մեջ գտնվող նյութերի, անասնաբուժական և բուսասանիտարական ենթահսկման ապրանքների ներմուծման, արտահանման, տարանցիկ փոխադրման ժամանակ ուղեկցվող փաստաթղթերի հիման վրա էլեկտրոնային հայտերի ստեղծումը և կառավարումը.
9) ապահովում է սահմանային վերահսկողական գործունեության մեթոդաբանության աշխատանքների իրականացումը.
10) ապահովում է Տեսչական մարմնի սահմանային վերահսկողության մոնիթորինգային գործունեության արդյունքների ամփոփման, վերլուծության, խնդիրների և բացերի վերհանման աշխատանքների իրականացումը.
11) իրականացնում է Հայաuտանի Հանրապետության oրենuդրությամբ, ինչպես նաև Տեսչական մարմնի և սույն կանոնադրությամբ իրեն վերապահված այլ լիազորություններ:

Սահմանային պետական վերահսկողության համակարգման բաժնի կանոնադրությունը