Բաժնի նպատակները`
1) սննդամթերքի, սննդամթերքի հետ անմիջական շփման մեջ գտնվող նյութերի, անասնաբուժական հսկման ենթակա ապրանքների, բուսասանիտարական հսկման ենթակա ապրանքների ներմուծման, արտահանման և տարանցիկ փոխադրման գործընթացներում սահմանային պետական վերահսկողության ապահովումը.
2) սննդամթերքի և կերի անվտանգության, անասնաբուժության և բուսասանիտարիայի ոլորտներում պետությանը և հանրությանը սպառնացող վտանգների հայտնաբերումը, ներթափանցման և տարածման կանխումը ու վերացումը:

Ագարակի սահմանային պետական վերահսկողության բաժնի կանոնադրությունը