Բուսասանիտարիան առողջ միջավայրում առողջ բույսերի, բուսական արտադրանքի և կարգավորվող առարկաների արտադրությանը նպատակաուղղված միջոցառումների համակարգ է: Այն ապահովում է բույսերի պաշտպանության պետական միջոցառումների համալիրը` կարանտինը, որի նպատակն է բացահայտել, մեկուսացնել և վերացնել բույսերի, բուսական արտադրանքի և կարգավորվող առարկաների համար կարանտին վնասակար օրգանիզմներով վարակված օջախները:
Այս ոլորտի խնդիրն է Հայաստանի Հանրապետության տարածքում բույսերի կարանտին և կարգավորվող ոչ կարանտին վնասակար օրգանիզմների հայտնաբերումը և ոչնչացման նկատմամբ վերահսկողությունը:
Բուսասանիտարիան նաև վերահսկում է բույսերի, բուսական արտադրանքի և կարգավորվող առարկաների արտադրության և վերամշակման ընթացքը, երկրի տարածքում գործող իրացման կետերում բուսասանիտարական կանոնների և նորմերի պահպանումը:
Բույսերի վնասակար օրգանիզմի զանգվածային բազմացումն ու տարածումը ժամանակին կանխատեսելու, ախտորոշելու և կանխարգելելու նպատակով միջոցառումների իրականացումը և գյուղատնտեսական, գեղազարդային մշակաբույսերի, անտառի բուսասանիտարական վիճակի բարելավման, շրջակա միջավայրին, բուսական և կենդանական աշխարհին սպառնացող վնասի բացառման ապահովումը ևս բուսասանիտարիայի կարգավորման ոլորտի կարևորագույն խնդիրներից են: